1. De rotklussen blijven liggen 
   Wie zorgt ervoor dat de dingen die niemand wil doen toch gedaan worden? Wie gaat dat organiseren cq. oppakken binnen een zelfsturend team?
2. De neuzen staan niet altijd dezelfde kant op
   Wawoe concludeert dat zelfsturing alleen werkt als mensen het eens zijn over de missie, doelen en uitgangspunten.
3. De druk op individuele medewerkers neemt toe. In organisaties op basis van zelfsturing is het werk nooit af. Dit kan leiden tot stress bij individuele medewerkers die daar moeite mee hebben. Uit onderzoek blijkt dat stressverschijnselen, ziekteverzuim en zelfs het aantal gevallen van burnout toenemen onder invloed van zelfsturing. 
4. Er staat een 'de facto leider' op
   Om de ontstane anarchie in te dammen zal zich iemand binnen de groep geroepen voelen om de leiding te nemen. Dit is niet altijd degene die daar het meest geschikt voor is. Bovendien wordt zijn/haar gezag niet zomaar geaccepteerd binnen een zelfsturend team.
5. Mensen hebben behoefte aan sturing
   Binnen organisaties zullen er altijd medewerkers zijn die behoefte hebben aan een bepaalde mate van sturing, iemand die aangeeft welke taken ze moeten verrichten.

Er kleven dus verschillende nadelen aan de transitie naar zelforganisatie. Wawoe komt tot de slotsom dat zelfsturing dus slechts een deel van de oplossing is. Pas het toe waar het kan en waar medewerkers er achter staan, maar probeer het zeker niet te benaderen als 'one size fits all'.